Thành lập công ty trong khu chế xuất: khung pháp lý, ưu đãi và nghĩa vụ của nhà đầu tư nước ngoài

Việt Nam tiếp tục là điểm đến chiến lược trong chuỗi cung ứng toàn cầu, đặc biệt với mô hình khu chế xuất (Export Processing Zone – EPZ) – nơi tập trung các hoạt động sản xuất xuất khẩu có sự điều chỉnh pháp lý riêng biệt và nhiều chính sách ưu đãi dành cho nhà đầu tư nước ngoài. Tuy nhiên, đằng sau những ưu đãi đó là một hành lang pháp lý tương đối phức tạp, đòi hỏi nhà đầu tư phải có sự chuẩn bị kỹ lưỡng ngay từ khâu thành lập pháp nhân. 

Lập công ty trong khu chế xuất không chỉ là lựa chọn về địa điểm sản xuất, mà còn kéo theo các nghĩa vụ tuân thủ liên quan đến hải quan, thuế, kiểm tra chuyên ngành, cũng như các giới hạn trong hoạt động thương mại nội địa. Sự khác biệt giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp thông thường thể hiện rõ ở cơ chế kiểm soát hàng hóa, phân loại đầu tư, sử dụng lao động và quản lý ngoại hối. 

Bài viết này sẽ cung cấp cho nhà đầu tư nước ngoài cái nhìn toàn diện về khung pháp lý điều chỉnh hoạt động trong khu chế xuất, phân tích các ưu đãi đặc thù và nghĩa vụ pháp lý cần lưu ý khi thành lập doanh nghiệp hoặc nhà máy tại đây.

1. Hồ sơ, trình tự và thủ tục thành lập doanh nghiệp trong khu chế xuất

Việc thành lập doanh nghiệp chế xuất (DNCX) tại Việt Nam được điều chỉnh bởi hệ thống pháp luật về Đầu tư, Hải quan và quản lý khu phi thuế quan. Thủ tục thành lập DNCX có thể khác nhau tùy theo hình thức triển khai dự án đầu tư. Dưới đây là ba trường hợp phổ biến mà nhà đầu tư cần nắm rõ: 

Trường hợp thực hiện đồng thời thủ tục thành lập DNCX và xin cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư 

Trong trường hợp nhà đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất đồng thời với việc xin cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC), hồ sơ cần kèm theo bản cam kết về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, theo quy định pháp luật về thuế xuất khẩu và thuế nhập khẩu. Cam kết này chứng minh rằng nhà đầu tư có đủ năng lực vận hành trong khu phi thuế quan và chịu sự giám sát của cơ quan hải quan. 

Sau khi tiếp nhận và thẩm định hồ sơ, Cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, trong đó ghi rõ mục tiêu đầu tư là thành lập doanh nghiệp chế xuất. 

Trường hợp không đồng thời thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư 

Nếu nhà đầu tư đã có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư từ trước, nhưng nay có nhu cầu chuyển đổi hoặc bổ sung mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất, thì cần nộp 01 bộ hồ sơ đến cơ quan đăng ký đầu tư nơi doanh nghiệp đặt trụ sở. Hồ sơ bao gồm: 

• Tài liệu về dự án đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư; 

• Bản cam kết về việc đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan. 

Trong vòng 03 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất nếu dự án không thuộc diện phải xin cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. 

Trường hợp dự án thuộc diện chấp thuận chủ trương đầu tư 

Với những dự án đầu tư quy mô lớn hoặc thuộc lĩnh vực có điều kiện, nhà đầu tư cần xin chấp thuận chủ trương đầu tư. Khi nộp hồ sơ đề nghị chấp thuận, nhà đầu tư cũng phải kèm theo bản cam kết về năng lực tuân thủ kiểm tra, giám sát hải quan. 

Sau khi có văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư, nếu dự án không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nhà đầu tư sẽ được cấp Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất trong vòng 03 ngày làm việc. Trường hợp còn lại, thông tin về mục tiêu “doanh nghiệp chế xuất” sẽ được ghi nhận ngay trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. 

Lưu ý rằng, Bản cam kết về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan chỉ áp dụng trong trường hợp doanh nghiệp chế xuất hoạt động trong khu phi thuế quan. Mẫu bản cam kết này được ban hành kèm theo Phụ lục VII Nghị định số 18/2021/NĐ-CP – đây là tài liệu bắt buộc trong nhiều trường hợp thành lập hoặc chuyển đổi mục tiêu đầu tư. 

2. Cơ chế kiểm soát hải quan và chính sách ưu đãi đối với doanh nghiệp chế xuất

Ngăn cách vật lý và quản lý như khu phi thuế quan 

Doanh nghiệp chế xuất (DNCX) là mô hình đặc thù hoạt động trong khu phi thuế quan, được áp dụng các quy định riêng biệt về hải quan, thuế và lưu thông hàng hóa. Theo đó, khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất hoặc các phân khu công nghiệp dành riêng cho doanh nghiệp chế xuất phải được ngăn cách vật lý hoàn chỉnh với lãnh thổ hải quan bên ngoài bằng hệ thống tường rào, cổng, cửa ra vào. Mục tiêu của sự ngăn cách này là để đảm bảo điều kiện cho việc kiểm tra, giám sát hải quan và sự hiện diện thường xuyên của cơ quan quản lý nhà nước có liên quan. 

Thời điểm được hưởng ưu đãi và điều kiện thực thi 

Doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách ưu đãi thuế và đầu tư dành cho khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu “doanh nghiệp chế xuất” được ghi nhận tại một trong các tài liệu pháp lý sau: 

• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư; 

• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh; 

• Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất do cơ quan có thẩm quyền cấp. 

Tuy nhiên, để chính thức được áp dụng chính sách thuế ưu đãi, doanh nghiệp phải hoàn tất xây dựng cơ sở hạ tầng và được cơ quan hải quan xác nhận về việc đáp ứng đầy đủ điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo đúng quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu và nhập khẩu. Nếu không được xác nhận, doanh nghiệp sẽ không được hưởng các ưu đãi thuế dù đã ghi nhận mục tiêu trong giấy chứng nhận đầu tư. 

Trao đổi hàng hóa và các ngoại lệ hải quan 

Hoạt động mua bán, trao đổi hàng hóa giữa doanh nghiệp chế xuất và phần còn lại của lãnh thổ Việt Nam được coi là xuất khẩu – nhập khẩu nội địa, trừ một số ngoại lệ. Các loại hàng hóa không cần làm thủ tục hải quan bao gồm: 

• Vật liệu xây dựng; 

• Văn phòng phẩm; 

• Lương thực, thực phẩm; 

• Hàng tiêu dùng phục vụ sinh hoạt của người lao động trong DNCX. 

Ngoài ra, doanh nghiệp chế xuất cũng được quyền thanh lý tài sản, bán hàng hóa đã qua sử dụng hoặc còn tồn trong kho vào thị trường nội địa, với điều kiện tuân thủ các quy định pháp luật về quản lý chuyên ngành và thuế. 

Kiểm soát tài chính và hoạt động khác 

Một số đặc điểm pháp lý khác cần lưu ý: 

• Người lao động trong DNCX không cần khai báo hải quan khi mang ngoại hối ra vào khu vực này. 

• Doanh nghiệp chế xuất có thể thực hiện hoạt động kinh doanh khác nhưng phải tách biệt về khu vực lưu giữ hàng hóa, hạch toán riêng doanh thu – chi phí, và không sử dụng máy móc, thiết bị được miễn thuế cho mục đích ngoài chế xuất. Nếu có sử dụng, phải hoàn trả toàn bộ ưu đãi thuế đã được hưởng. 

Chi nhánh và kho lưu giữ ngoài khu chế xuất 

Doanh nghiệp chế xuất được phép thành lập chi nhánh nếu chi nhánh đó cũng hoạt động trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế và đáp ứng các điều kiện kiểm soát hải quan. Trong trường hợp đặc biệt không đủ mặt bằng, doanh nghiệp có thể thuê kho ngoài khu chế xuất để lưu giữ hàng hóa nếu được cơ quan hải quan xác nhận đủ điều kiện.  

3. Nghĩa vụ tuân thủ và ràng buộc pháp lý trong hoạt động chế xuất

Bên cạnh các chính sách ưu đãi đặc thù, doanh nghiệp chế xuất (DNCX) cũng phải tuân thủ chặt chẽ một loạt quy định pháp lý đặc thù trong suốt quá trình hoạt động. Đây là những nghĩa vụ mang tính hệ thống, gắn liền với việc kiểm soát dòng hàng hóa, tài sản, dòng tiền và hạ tầng vận hành trong khu phi thuế quan. Việc tuân thủ đầy đủ không chỉ là yêu cầu pháp lý, mà còn là điều kiện tiên quyết để được duy trì các ưu đãi và tránh các hậu quả pháp lý nghiêm trọng. 

Tách biệt khu vực lưu giữ hàng hóa và hoạt động kinh doanh 

DNCX phải đảm bảo phân định rõ ràng giữa khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ hoạt động chế xuất và khu vực lưu giữ hàng hóa cho các mục đích khác. Quy định này nhằm ngăn ngừa việc sử dụng tài sản được hưởng ưu đãi thuế sai mục đích, đồng thời giúp cơ quan chức năng thuận tiện trong việc kiểm tra, giám sát. 

Hạch toán kế toán riêng biệt 

Doanh nghiệp chế xuất có nghĩa vụ hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động chế xuất và các hoạt động kinh doanh khác nếu có. Việc không phân tách rõ ràng các nguồn doanh thu có thể dẫn đến hệ quả pháp lý nghiêm trọng, bao gồm truy thu thuế và xử phạt hành chính. 

Giới hạn sử dụng tài sản được miễn thuế 

Tài sản, máy móc, thiết bị đã được miễn thuế theo cơ chế ưu đãi cho doanh nghiệp chế xuất không được sử dụng cho các hoạt động kinh doanh ngoài mục tiêu chế xuất. Trường hợp sử dụng sai mục đích, doanh nghiệp bắt buộc phải hoàn trả toàn bộ số thuế đã được miễn, giảm, đồng thời có thể bị xem xét xử lý vi phạm về thuế và hải quan theo quy định pháp luật hiện hành. 

Thanh lý tài sản và bán hàng vào nội địa 

Việc thanh lý tài sản đã qua sử dụng hoặc bán hàng vào thị trường nội địa phải tuân thủ đầy đủ quy định của pháp luật về đầu tư, thuế xuất nhập khẩu và quản lý chuyên ngành. Dù chính sách cho phép doanh nghiệp chế xuất thực hiện các hoạt động này, nhưng tại thời điểm bán hoặc thanh lý, hàng hóa có thể phải chịu thuế và kiểm tra chuyên ngành, đặc biệt nếu khi nhập khẩu ban đầu chưa thực hiện các thủ tục đó. 

Quản lý nhân sự và dòng tiền 

Người lao động tại DNCX được miễn khai báo hải quan khi mang ngoại hối ra, vào khu chế xuất, tuy nhiên doanh nghiệp vẫn phải đảm bảo các quy định về lao động nước ngoài, hợp đồng lao động, an toàn vệ sinh lao động và chính sách bảo hiểm xã hội theo pháp luật Việt Nam. Đồng thời, mọi hoạt động thanh toán có yếu tố nước ngoài phải thực hiện theo quy định về quản lý ngoại hối của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. 

Điều chỉnh dự án và thông báo kịp thời 

Khi có sự thay đổi liên quan đến mục tiêu đầu tư, mô hình hoạt động (ví dụ: mở rộng kho, thuê kho ngoài khu chế xuất), doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện điều chỉnh dự án đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư. Đồng thời, phải thông báo bằng văn bản tới cơ quan đăng ký đầu tư trong thời hạn luật định để đảm bảo tính hợp pháp và tiếp tục được áp dụng các cơ chế đặc thù dành cho doanh nghiệp chế xuất. 

Việc thành lập và vận hành doanh nghiệp chế xuất tại Việt Nam mang lại nhiều cơ hội đầu tư hấp dẫn, đặc biệt là từ góc độ ưu đãi thuế quan, tiếp cận chuỗi cung ứng toàn cầu và cơ chế chính sách riêng biệt. Tuy nhiên, song hành với lợi thế là một hệ thống pháp lý chặt chẽ, nhiều quy định chuyên biệt đòi hỏi nhà đầu tư phải có sự chuẩn bị bài bản và hiểu biết sâu về môi trường pháp lý sở tại. 

Từ khâu thành lập pháp nhân, xin xác nhận hải quan, đến các nghĩa vụ vận hành liên quan đến hạch toán, quản lý kho bãi, thanh lý tài sản hay xuất – nhập khẩu hàng hóa nội địa, doanh nghiệp chế xuất không thể hoạt động hiệu quả nếu thiếu nền tảng pháp lý vững chắc và sự đồng hành từ các chuyên gia hiểu rõ hệ sinh thái pháp luật Việt Nam. 

Với kinh nghiệm thực tiễn trong việc hỗ trợ các doanh nghiệp FDI và nhà đầu tư nước ngoài trong lĩnh vực công nghiệp và chế xuất, CDLAF cam kết mang đến góc nhìn pháp lý toàn diện, phù hợp với thực tế triển khai và chuẩn mực quốc tế. Một chiến lược đầu tư bền vững, minh bạch và đúng luật sẽ không chỉ là lợi thế cạnh tranh, mà còn là nền móng cho sự phát triển dài hạn tại Việt Nam. 

Thời gian viết bài: 28/05/2025

Bài viết ghi nhận thông tin chung có giá trị tham khảo, trường hợp bạn mong muốn nhận ý kiến pháp lý liên quan đến các vấn đề mà bạn đang vướng mắc, bạn vui lòng liên hệ với Luật sư của chúng tôi theo email info@cdlaf.vn

Bạn có thể tham thảo thêm:

• • Pháp lý về kinh doanh thực phẩm chức năng tại Việt Nam
  • Nghĩa vụ thuế – kế toán của doanh nghiệp FDI tại Việt Nam: Những điều không thể bỏ qua
  • Thu hồi công nợ tại Việt Nam: Những điều doanh nghiệp nước ngoài cần biết trước khi khởi kiện