Khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP: Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào là quyền lợi chính đáng giúp doanh nghiệp giảm chi phí thuế, tối ưu giá thành và nâng cao lợi nhuận. Thế nhưng, thực tế cho thấy không ít doanh nghiệp bị loại chi phí, truy thu thuế, phạt vi phạm hành chính chỉ vì chưa nắm rõ quy định khấu trừ, đặc biệt là điều kiện về hóa đơn, chứng từ nộp thuế và thanh toán không dùng tiền mặt. Nghị định 181/2025/NĐ-CP cùng Nghị định 52/2024/NĐ-CP đã quy định rõ ràng nhưng cũng rất chặt chẽ, đòi hỏi doanh nghiệp phải hiểu sâu để vận dụng chính xác, tránh rủi ro không đáng có. 

1. Hóa đơn, chứng từ nộp thuế – nền tảng không thể thiếu 

Để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp bắt buộc phải có hóa đơn GTGT hợp lệ hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu. Đây là điều kiện tối thiểu nhưng thực tế nhiều doanh nghiệp vẫn mắc lỗi như hóa đơn thiếu thông tin, sai mã số thuế, hoặc chứng từ nộp thuế không khớp với tờ khai hải quan. Đặc biệt, với trường hợp nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài, chứng từ nộp thuế này cũng được chấp nhận làm căn cứ khấu trừ theo quy định. 

Doanh nghiệp cần xây dựng quy trình đối chiếu hóa đơn và chứng từ nộp thuế ngay khi phát sinh, lưu trữ đầy đủ, đảm bảo tính pháp lý khi thanh tra thuế. Hóa đơn không hợp lệ hoặc thiếu chứng từ nộp thuế sẽ bị loại khấu trừ, truy thu thuế và phạt vi phạm. 

2. Thanh toán không dùng tiền mặt – quy định chặt chẽ, phạm vi rộng 

Theo quy định, mọi khoản chi từ 5 triệu đồng trở lên (bao gồm VAT) phải thanh toán không dùng tiền mặt để đủ điều kiện khấu trừ thuế. Nghị định 52/2024/NĐ-CP đã định nghĩa phương tiện thanh toán không dùng tiền mặt bao gồm: séc, lệnh chi, ủy nhiệm chi, nhờ thu, ủy nhiệm thu, thẻ ngân hàng (thẻ ghi nợ, thẻ tín dụng, thẻ trả trước), ví điện tử và các phương tiện thanh toán khác theo quy định Ngân hàng Nhà nước. Doanh nghiệp có thể thanh toán qua ngân hàng hoặc tổ chức trung gian thanh toán được pháp luật cho phép. Tuy nhiên, nộp tiền mặt trực tiếp vào tài khoản bên bán không được coi là thanh toán không dùng tiền mặt, trừ các trường hợp đặc thù quy định tại Luật Thuế GTGT. Bộ phận Kế toán của doanh nghiệp cần kiểm tra chứng từ thanh toán trước khi hạch toán khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đảm bảo đúng phương thức thanh toán không dùng tiền mặt. Lưu ý rằng thanh toán không đúng phương thức sẽ bị loại khấu trừ thuế GTGT, làm tăng giá vốn, bị truy thu thuế GTGT cùng tiền phạt. 

3.Thanh toán bù trừ – cần minh bạch và đầy đủ hồ sơ 

Pháp luật cho phép thanh toán theo phương thức bù trừ công nợ, nhưng doanh nghiệp phải lập biên bản đối chiếu công nợ, thể hiện rõ giá trị bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào và bán ra. Nếu bù trừ qua bên thứ ba, biên bản xác nhận của cả ba bên là bắt buộc. Đối với khoản cấn trừ bằng tiền vay, mượn, hợp đồng vay mượn phải lập trước và có chứng từ chuyển tiền qua ngân hàng. Tuy nhiên khi thực hiện thanh toán bù trừ, doanh nghiệp cần lập đầy đủ biên bản đối chiếu công nợ, hợp đồng vay mượn và chứng từ thanh toán, lưu hồ sơ cẩn thận để chứng minh giao dịch khi quyết toán thuế. 

4. Thanh toán qua bên thứ ba – hợp đồng phải quy định rõ

Doanh nghiệp có thể thanh toán qua bên thứ ba theo yêu cầu của bên bán hoặc thanh toán ủy quyền, nhưng pháp luật yêu cầu phương thức này phải được quy định rõ trong hợp đồng và bên thứ ba phải là tổ chức hoặc cá nhân hợp pháp theo quy định. Nếu thiếu nội dung này trong hợp đồng hoặc bên thứ ba không đủ tư cách pháp lý, giao dịch sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Khi thanh toán qua bên thứ ba, doanh nghiệp cần soạn hợp đồng rõ ràng phương thức thanh toán, kiểm tra pháp nhân bên thứ ba và lưu chứng từ chuyển tiền đầy đủ. 

5. Thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu – quy định mới cần thận trọng

Nghị định 181/2025/NĐ-CP cho phép thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu nếu phương thức này được quy định trong hợp đồng. Tuy nhiên, hình thức này đòi hỏi doanh nghiệp tuân thủ đồng thời pháp luật thuế, kế toán và chứng khoán, đảm bảo định giá hợp lý và minh bạch. Trước khi thực hiện thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu, doanh nghiệp cần tham vấn luật sư thuế và chuyên gia tài chính – chứng khoán để đảm bảo tuân thủ pháp luật. 

6. Trả góp, trả chậm – quyền lợi và nghĩa vụ đi kèm

Với hàng hóa, dịch vụ mua trả góp, trả chậm, doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu có hợp đồng mua bán, hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi đến hạn. Tuy nhiên, nếu đến thời điểm thanh toán mà chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế đã khấu trừ. Kế toán cần theo dõi thời điểm thanh toán theo hợp đồng, đảm bảo bổ sung chứng từ thanh toán kịp thời để giữ quyền khấu trừ thuế GTGT. 

Quy định về hóa đơn, chứng từ nộp thuế và thanh toán không dùng tiền mặt ngày càng chặt chẽ, không chỉ đảm bảo minh bạch thị trường mà còn nâng cao quản trị doanh nghiệp. Hiểu đúng và áp dụng đúng sẽ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị loại chi phí, truy thu thuế, phạt vi phạm hành chính, đồng thời tối ưu giá thành và tăng lợi nhuận bền vững. Để đảm bảo an toàn, mỗi doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát hồ sơ khấu trừ, đào tạo kế toán định kỳ và tham vấn luật sư thuế hoặc chuyên gia tư vấn độc lập khi cần thiết. 

Thời gian viết bài: 03/07/2025

Bài viết ghi nhận thông tin chung có giá trị tham khảo, trường hợp bạn mong muốn nhận ý kiến pháp lý liên quan đến các vấn đề mà bạn đang vướng mắc, bạn vui lòng liên hệ với Luật sư của chúng tôi theo email info@cdlaf.vn

Bạn có thể tham thảo thêm:

• • • Thuế suất GTGT 0% theo Nghị định 181/2025: Doanh nghiệp cần đáp ứng điều kiện gì?
    • Nhập khẩu thiết bị an toàn thông tin mạng: Những quy định bắt buộc và chiến lược tránh rủi ro
    • Phân quyền trong công ty cổ phần: Ai thực sự nắm quyền điều hành và ra quyết định?
    • Nghĩa vụ thuế – kế toán của doanh nghiệp FDI tại Việt Nam: Những điều không thể bỏ qua